1956-1959
十字架山浸信會於1956年2月成立，由萬國宣道浸信會西差會的宣教士李威廉牧師夫婦（Rev. and Mrs. William Reid）創立。
早於1955年4月，神帶領李牧師進到一所非基督教中學——–德明英文書院——-以英文教授聖經科，和邀請學生參加在家中舉行的英語查經班。為方便學生接觸福音，神又帶領李牧師租用德明英文書院舉行主日學。在同年10月，李牧師在家中開始第一次英語崇拜。
翌年2月，教會舉行第一屆浸禮，連同三位轉會的弟兄姊妹，共有九位弟兄姊妹加入教會，十字架山浸信會也正式誕生。
至1959年，崇拜聚會人數已增長至三十人。此時教會可說是麻雀雖小，五臟俱全。主日早上有兒童和成人主日學和崇拜，晩上則有晩堂崇拜，週四晩有祈禱會及查經班，週六下午則有詩班練習。此外，復活節和暑假又有退修會和夏令會，聖誕節則有感恩聚餐和聖誕話劇。在行政上，教會每季舉行事務會議，又於週年會員大會選舉教會領袖。
1960-1969
1959年，李牧師一家回國述職，有幾個星期教會沒有牧者，教會中剛剛二十出頭的弟兄姊妹要靠著神的恩典，學習自立。除了日常的運作，三位執事——–林榮光、李慶煊、黃任榮——還要輪流講道。至1961年11月，教會在經濟上學習自立，為購買堂址奉獻。起初的奉獻並不理想，但在神的幫助和牧師的鼓勵下，兩年後逹到一萬元的目標。踏出第一步後，教會繼續在經濟上仰望神，於67年更購買了教會的會址。
此外，神又格外幫助教會在真理上成長。那時，宣教士由於熱衷於傳福音，主日學和主日崇拜的信息都是佈道性質，真理的教道比較薄弱。有見及此，在1964年9月，暫代李牧師的文基信牧師（Rev. Fremont），為著弟兄姊妹對信仰有更深入的認識，在教會內成立信徒訓練學院。至1966年2月，西差會又開辦了香港浸信會聖經學院，就是現在中國浸信會神學院的前身。在李牧師的鼓勵下，不少弟兄姊妹在這所學院接受短期裝備。這樣，教會第一代信徒的信仰根基就得到穏固。
雖然遲至1975年12月，教會才註冊成為獨立的團體，但在這時教會已可算是一所自治、自養、自傳的教會。
1970-1984
在70年代初期，教會崇拜人數徘徊於四、五十人之間，只有一個會眾是十六歲以下的少年人，教會顯得有點老化。究其原因是教會一直用英語講道和英語歌集聖詩，局限了傳福音的對象。1969年中，教會顧問牧師嘉威廉牧師（Rev. Commons）提出教會要本士化。在1969年底教會聘請鄧安華先生為傳道，而崇拜及其他聚會也改用白話。然而1973年中，鄧安華先生因病向教會請辭。
1974年6月，神從越南帶領鄭智斌牧師（當時尚未按立）為教會的傳道人。鄭牧師對神熱心和滿有恩賜，他和成熟的執事互相配搭，加上一群早於1973年初開始返教會的少年人，為教會帶來朝氣與活力。崇拜聚會人數由1975年的56人增加至1976年的84人，1978年更增加至150人。
1977年，教會有感於領受了很多神的恩典，決定開展白田村的福音工作，向房屋署申請單位作為閱覽室及老人中心。在未搬入村前，弟兄姊妹在南昌街的聖安診所舉行聚會。每個主日晩上都進行街頭佈道，邀請途人到聖安診所聚會。1980年，白田浸信會正式成立，成為十字架山浸信會第二間分會。
教會第一間分會是1979年7月成立的深水埗堂。1979年初，大量越南難民湧入香港，鄭牧師帶動教會展開越南難民的福音工作。那時，教會除了進入難民營佈道，又租用荔枝角道396號5樓作聚會地點。這福音工作一直延到1981年初，越南難民日漸減少才告一段落。
在1981年，因著教會聚會人數多逹250人，把教會擠至水洩不通，不能再容納新朋友，於是教會決定組織福音新據點，租用荔枝角道396號，差派62位弟兄姊妹成立分堂，取名為深恩浸信會。這是十字架山浸信會第三間分會。
然而1983年初，為解決人滿之患，教會還是要遷至長沙灣道137-143號9樓。
1984-1994
在「九七問題」的陰霾下，教會在神的保守，更加努力傳福音，建立不同的事工。這十年間，頭三年著重裝備，後七年則著重外展。在1986年，教會成立差傳委員會，關心本地以外的福音工作。此外，教會又於1988年底，開始幸福中心的工作，在長沙灣幸福街臨時房屋區，以社區服務方式見證神。直至臨時房屋區於1995年清拆，這福音工作才告一段落。與此同時，1988年，教會與彭偉光牧師（Rev. Paswaters）合作，開始馬鞍山恒安村的福音工作，成立恒安浸信會。此後，教會繼續推行以分堂為主的教會增長策略——-1990年成立沐恩浸信會，1993年成立顯恩浸信會、1994年成立頌恩浸信會。
除了差傳、幸福中心、分堂、這段期間，教會更孕育了「影音使團」。在1986年，教會內一群熱心傳福音的弟兄姊妹組成了影音佈道組，製作了第一部福音幻燈片， 除了在本會播放，也外借給其他教會。然而，這樣形式的影音事工，並非教會能獨力承擔，在1990年影音小組獨立於教會，組成「影音使團」。
1994-2006
回歸前後的日子，香港在政治與民生方面都經歷急速的轉變，亦面對不少實際的危機，令人感到疲憊焦慮。再加上社會日趨世俗化、庸俗化，叫不少基督徒將信仰與生活分割，甚至隨波逐流，教會沿用的牧養模式似乎未能有效地回應眼前的挑戰，教會遂提出更新崇拜和團契模式。
在崇拜更新上，曾經出現新舊難合的情況，會眾不明白為何要改變，再加上個別主席走得太前太急，會眾跟不上更新的進度。
至於團契的改變則從2000年4月開始在就業團契推行全面小組化。在小組內弟兄姊妹一同敬拜、祈禱、相交、佈道、分享主日崇拜信息，互相支持。透過有系統的支援與督導，提昇小組生活的質素。而因應以小組為軸心的牧養模式，教會於2000年年會刪減與小組功能明顯重疊的部門，如相交部等。
經過幾年的努力，成果卻是強差人意，沒有明顯的進展。不過在神的恩典，在這種種不足下，不少弟兄姊妹仍在其崗位堅守立場，承擔教會的服侍。教會在1997年10月成立宣恩浸信會，於1999年又購買教會樓上的單位，讓兒童主日學和長者事工有更好的發展；近年更積極投入深水埗社區的福音工作。
十字架山浸信會 